La principale période de destruction massive d’églises médiévales fut celle des guerres de Religions du XVI^e siècle, suivies au siècle suivant par le siège de La Rochelle qui ravagea l’Aunis. De nombreuses réparations ou reconstructions, souvent sommaires et généralement assez visibles, ont fait suite à ces crises. La prise de conscience patrimoniale issue de la Révolution Française se traduisit en 1840 par la publication de la première liste de classement de Monuments Historiques.
En Charente-Inférieure, la liste comprenait plusieurs églises romanes, dont Saint-Eutrope, l’église de l’Abbaye aux Dames ou encore Fenioux. Avec l’accélération de ce processus, le mouvement de restauration des Monuments Historiques prit de l’ampleur, et la doctrine française de restauration fut élaborée par Eugène-Emmanuel Viollet-le-Duc et les architectes diocésains tels que Paul Abadie ou Juste Lisch, relayés à partir du début du XX^e par les architectes des Monuments Historiques.
Beaucoup d’églises, parfois laissées sans entretien depuis des siècles, nécessitaient des interventions lourdes. Certaines peuvent même être jugées excessives aujourd’hui lorsqu’elles ont conduit à de véritables réinventions qui peuvent nous tromper. Ainsi, à Surgères, Juste Lisch a-t-il fait effacer une grande fenêtre gothique percée au XV^e siècle au centre de la façade pour la remplacer par une baie imitant les formes romanes. De même, il fit restituer une partie des modillons, en particulier tous ceux de la corniche supérieure. L’église de l’Abbaye aux Dames, fortement endommagée au XIX^e siècle lorsqu’elle a servi de caserne, dut être restaurée dans les années 1920-1930, et on ne peut la comprendre aujourd’hui qu’en tenant compte des nombreuses parties touchées par ces restaurations, qui se confondent parfois avec des éléments authentiques. C’est grâce aux archives de ces travaux, généralement bien documentés, qu’il faut aujourd’hui reprendre l’histoire de ces monuments parvenus jusqu’à nous malgré les ravages du temps.