Plus aisées à identifier sont les nombreuses transformations apportées aux églises entre le XIII^e et le XVI^e siècle. Leur style se distingue en général très nettement de celui des parties romanes par l’utilisation de la croisée d’ogive et un système de décor et de mouluration très différent de celui de l’époque romane, sans véritable souci d’intégration. Beaucoup d’édifices ont été remaniés, parfois dès le XIII^e siècle, pour être mis au goût du jour, comme par exemple à Saint-Hérie de Matha, dont le chevet à pans coupés gothique, avec ses fenêtres à remplages, prolonge une nef romane.
Parfois, ces travaux sont dus aux dégâts causés par des accidents, généralement des incendies ou des effondrements de voûtes. Mais on sait aussi que certaines églises étaient dans un état de délabrement à l’issue de la guerre de Cent Ans. Elles furent donc rénovées ou réadaptées à des besoins nouveaux, par l’adjonction de chapelles latérales ou, plus généralement, par le réaménagement ou la reconstruction pure et simple du chevet.
De nombreuses nefs romanes se terminent ainsi par des chevets gothiques, le plus souvent rectangulaires, comme à Pérignac ou à Meursac. Dans la plupart des cas ce sont les nefs de l’époque romanes qui sont conservées, mais parfois, elles ont été élargies et doublées de collatéraux au XV^e ou au XVI^e siècle pour s’adapter à la croissance démographique à l’issue de la guerre de Cent Ans. De ce fait, leur façade elle-même peut être doublée par une façade gothique ou de la première Renaissance, comme à Consac ou à Fontaine-d’Ozillac, par exemple. Certains clochers ont également été remaniés ou reconstruits à l’issue de la guerre de Cent Ans, tandis qu’un grand nombre d’églises ont été fortifiées lors de ce conflit.