Le cours de la Révolution française bascule lorsque l’Angleterre entre en guerre en février 1793. Face aux dangers d’invasions aux frontières terrestres et maritimes, la Convention ordonne la levée de 300 000 hommes pour assurer la défense du territoire. Ce décret mal compris enflamme la Vendée dont la révolte ajoute aux difficultés. Dans cette ambiance de crise totale, l’Hermione reprend du service. Elle est envoyée dans la Loire pour surveiller autant les Vendéens que les Anglais susceptibles de débarquer. Commandée par le futur amiral Martin, elle capture un corsaire anglais et stationne à l’embouchure de la Loire. A poste jusqu’en septembre 1793, elle reçoit la mission de protéger un convoi de douze navires à destination de Brest avec, entre autres, un chargement de 65 canons fondus à Indret.
Mais, mal orientée par le pilote, l’Hermione tape à marée descendante sur le plateau du Four au large du Croisic, le 23 septembre 1793. La coque se déchire lentement, laissant le temps pour l’évacuation de l’équipage. La frégate ne peut cependant pas être sauvée et elle sombre.
Un repérage archéologique en 1992 et une fouille sous-marine en 2005 ont permis d’identifier l’épave et d’en remonter quelques vestiges : penture de gouvernail, ancre, canon de lest.