Entassés à bord des navires dans des conditions insalubres les captifs doivent supporter une navigation qui dure de 30 à 55 jours. Ils sont placés sous la surveillance de l’équipage mais les révoltes et les actes de désespoir sont nombreux. A bord, les« bombes », des noirs libres, ont pour rôle d’apaiser les esclaves. Le « quartier-maître », un esclave, est chargé de faire régner l’ordre dans l’entrepont. Le livre de bord du Phénix, parti de La Rochelle en 1737, comptabilise les suicides de 16 esclaves, certains alors qu’il est encore le long des côtes d’Afrique. Le 6 juin 1738, les officiers constatent la disparition de 4 femmes qui se sont jetées à la mer pendant la nuit. Quelques jours plus tôt, une autre esclave avait fait de même, mais en plein jour et elle avait été dévorée par les requins, sans que le canot ait eu le temps de la récupérer. Comme pour l’équipage, la maladie est un risque majeur dont témoignent les livres de bord mais aussi les rares procès-verbaux de décès qui ont été conservés, comme ceux du navire L’Iris de l’armateur Daniel Garesché, utiles à l’armateur pour justifier le bilan financier du voyage auprès de ses associés et des assureurs. Compte tenu du prix de vente d’un esclave, les capitaines tentent pourtant de limiter les incidents et les décès par maladie, par exemple en faisant monter sur le pont une fois par jour les captifs, en leur imposant de se laver et de se rincer la bouche avec de l’eau coupée de vinaigre ou du citron pour lutter contre le scorbut.